该庙南北宽59米，东西长84米，两进院布局。遒劲有力的“三皇庙”额匾镶嵌于始建山门的门额上。中轴线建有乐楼、三皇殿。头院南建碑廊一处，北角设掖门，为一、二进院出入通道。两进院自然地平落差较大，故掖门前设踏步缓解。二进院三皇正殿座西向东，殿内正面供奉太昊伏羲、神农炎帝、轩辕黄帝，两侧配祀古代十大名医，南北山墙绘有与名医有关的故事。壁画色彩明艳，线条清晰，两侧耳殿左供财神，右奉牛马王。正殿门额上高悬木刻“三皇庙”竖匾一块，为明嘉靖进士四川按察使邑人梁明翰赠。丹墀下古松参天，旗杆悬斗分竖正殿左右。南北两侧庑廊各一排，现制钟鼓分置其中。
大殿对面是明清以来几经重建的乐楼，做工考究，雕刻华丽，高悬民国八年所刻额匾一块。-凸体金字“海市蜃楼”，由晚清书法名家秦龙光所书。乐楼天花板彩绘梁山好汉一百零八将，神彩各异，栩栩如生。前后台间，镶嵌彩绘大块玻璃为整座戏台增添光彩，时有“玻璃戏台”的美誉，曾形成邑内外“为看戏台而看戏”的时尚。
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